หลักการที่ 6 : รักษาข้อมูลเป็นความลับโดยเคร่งครัด
"ข้อมูลเฉพาะบุคคลหรือเฉพาะรายไม่ว่าจะเป็นบุคคลธรรมดาหรือนิติบุคคลที่หน่วยสถิติจัดเก็บต้องรักษาปกปิดไว้เป็นความลับอย่างเคร่งครัด และใช้ประโยชน์ในทางสถิติเท่านั้น"
เพื่อให้เกิดความเชื่อมั่นและการยอมรับของสาธารณชนซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นขั้นพื้นฐานในการผลิตสถิติทางการ ข้อมูลที่มีความถูกต้องและตรงตามความเหมาะสมขึ้นอยู่กับความเต็มใจและความร่วมมือของสาธารณชนไม่ว่าจะเข้ามามีส่วนร่วมด้วยความเต็มใจหรือปฏิบัติตามหน้าที่ก็ตาม และเพื่อรักษาความไว้วางใจของผู้ให้ข้อมูล หน่วยสถิติจะต้องรักษาความเป็นส่วนตัวของผู้ให้ข้อมูล (เช่น ครัวเรือน หรือสถานประกอบการ เป็นต้น) โดยมีการรับประกันว่าจะไม่มีการนำข้อมูลที่สามารถเชื่อมโยงหรือระบุตัวตนส่วนบุคคลหรือส่วนองค์กรไปเผยแพร่สู่สาธารณะ ในขณะเดียวกัน หน่วยสถิติจะต้องรับประกันคุณภาพของข้อมูลโดยการหลีกเลี่ยงการสูญเสียข้อมูลที่มีความถูกต้อง ดังนั้น การเก็บรักษาความลับของข้อมูลควรจะดำเนินงาน ตามลำดับขั้นตอนของกระบวนการทางสถิติ ตั้งแต่การเตรียมการสำรวจไปจนถึงการเผยแพร่ผลผลิตสถิติ
ในการดำเนินการรักษาข้อมูลเป็นความลับหน่วยสถิติควรคำนึงถึงแนวทางการนำไปใช้หรือการพัฒนาเพิ่มเติม โดยมีแนวทางการปฎิบัติดังนี้
1. กรอบทางกฎหมาย
2. นโยบายและกลไกสนับสนุนการรักษาความลับของข้อมูล
3. ข้อมูลระดับย่อยสำหรับการวิจัย
4. การรักษาความปลอดภัยทางเทคโนโลยีสารสนเทศ
5. องค์กร เจ้าหน้าที่ และการวิจัย
การละเมิดการเก็บรักษาข้อมูลเป็นความลับมีแรงกระตุ้นที่แตกต่างกัน เช่น ความไม่ระมัดระวัง พฤติกรรมไม่เหมาะสม หรือเห็นแก่ประโยชน์ส่วนตน เป็นต้น แต่ไม่ว่าจะเป็นกรณีใดก็ตามหน่วยสถิติควรจะหลีกเลี่ยงการเผยแพร่ข้อมูลส่วนบุคคล เนื่องจากจะเกิดผลกระทบในแง่ลบอย่างรุนแรง ไม่เพียงแต่เป็นการละเมิดกฎหมายสถิติที่ใช้บังคับเท่านั้น แต่อาจส่งผลให้ประชาชนหรือสถานประกอบการได้รับความเสียหายด้วย อีกทั้งยังอาจเกิดความเสียหายต่อภาพลักษณ์ทำลายความน่าเชื่อถือในหน่วยงานของรัฐบาลด้วย ดังนั้นเพื่อลดผลกระทบที่อาจเกิดขึ้น หน่วยสถิติจะได้รับการกระตุ้นให้ป้องกันข้อมูลที่เป็นความลับในแต่ละขั้นตอนของกระบวนการผลิตสถิติให้ดีขึ้น ทำให้เกิดความโปร่งใส และมีการสื่อสารกับสาธารณชนอย่างต่อเนื่อง